У затишному дворику стоїть невеличка церква на честь святого Миколая. Заснування її пов’язано з ім’ям Чернігівського князя Святослава Давидовича, на кошти якого у 1106-1108 рр. була побудована Троїцька надбрамна церква. Саме він заснував у цей період лікарню для хворих ченців. З часом ця лікарня увійшла до складу Микільського монастиря (він у ті часи називався Троїцьким). Можливо, саме в цей період була побудована дерев’яна Микільська церква, але час її спорудження, як і інших дерев’яних споруд, не зберігся. Вперше церква згадується у 1462 р., як дерев’яна. На її місці у XVII ст. була зведена кам’яна церква, що збереглася донині.
На фасаді Микільської церкви у 1982 р. була встановлена бронзова дошка з барельєфним портретом Агапіта, на згадку про першого видатного лікаря Київської Русі.